Das Institut für angewandte Ökologie forscht und berät zu Themenbereichen wie Energie & Klimaschutz, Nukleartechnik & Anlagensicherheit sowie Umweltrecht & Governance. Zu den wichtigsten Auftraggebern des gemeinnützigen Öko-Instituts gehören Ministerien auf Bundes- und Landesebene (z.B. das Büro für Technikfolgenabschätzung am Deutschen Bundestag oder das Umweltbundesamt), Unternehmen sowie die Europäische Union. Darüber hinaus ist das Institut für NGOs und Umweltverbände tätig.